《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号，以下简称94号令）第七条规定，采购人、采购代理机构应当在采购文件中载明接收质疑函的方式、联系部门、联系电话和通讯地址等信息。这意味着，供应商必须按照采购文件中载明接收质疑函的方式发出质疑函。但94号令并未对质疑答复函的接收方式作出规定。根据94号令第十三条规定，采购人、采购代理机构应当在收到质疑函后7个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。同时，本案例中，招标文件也没有载明质疑答复函接收的方式。因此，采购代理机构只要通过书面形式发出质疑答复函就是合规的。

什么是书面形式？根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条，书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。

虽然供应商B同时用电子邮件和邮寄两种方式发出质疑函，但采购代理机构只要通过书面形式答复，就是合规的。因此，采购代理机构可以通过邮箱向供应商B发送质疑答复函，不必再发送纸质形式。建议供应商随时关注代理机构是否答复了质疑，如果代理机构法定时间内未答复质疑，可以据此向财政部门提起投诉。

本案例中，财政部门根据94号令关于投诉处理决定通知书送达方式的规定，认为采购代理机构应当用“供应商认可的方式”送达质疑答复函，是不妥当的。投诉处理是行政行为，而质疑答复是平等民事主体之间的行为，不适用投诉处理的相关规定。质疑答复的接收形式不需要获得供应商的同意或认可，但要确认供应商能够收到。